Al inicio el PCMCR trabajó en estrecha colaboración con distintas organizaciones involucradas con el tema de los recursos naturales. El Museo Nacional de Costa Rica funcionó como sede del Programa y proporcionó apoyo logístico, entre otras cosas. El Ministerio de Ambiente y Energía (MINAE) participó a través del Sistema Nacional de Áreas de Conservación (SINAC).

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Se impartieron los talleres educativos del PCMCR dentro de sus programas en el Área de Conservación Guanacaste (ACG) y el Área de Conservación Tempisque (ACT),ambas regiones de bosque tropical seco y por lo tanto de atención prioritaria en términos de conservación y educación ambiental. En la zona  norte del país, la Reserva Biológica La Tirimbina incorporó los talleres del PCMCR dentro de su programa educativo en La Virgen de Sarapiquí. Finalmente, el Parque Zoológico Simón Bolívar introdujo a los niños que viven en la ciudad a la problemática y biología de los murciélagos. Adicionalmente, todas estas organizaciones facilitaron sus instalaciones para que el grupo de apoyo del PCMCR llevara a cabo monitoreos e investigación de las poblaciones de estos organismos. Se trabajó con alrededor de 550 niños de 15 centros educativos durante 3 años consecutivos (2002-2004).

Posteriormente el PCMCR pierde un poco de fuerza en sus actividades. Sin embargo en el 2010 el PCMCR de la mano de la Reserva Biológica Tirimbina trabajó durante el 2010 y el 2011 con la temática de murciélagos con escuelas y comunidades de La Virgen de Sarapiquí.